Pusat Penelitian (Puslit) Pranata Pembangunan UI didirikan pada tanggal 3 Mei tahun 1986 yang dikukuhkan melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI, No.25803/A2.1.2/C/1986. Pada awal berdirinya, Puslit Pranata Pembangunan merupakan lembaga penelitian berada di bawah koordinasi Lembaga Penelitian UI yang saat ini berubah namanya menjadi Direktorat Riset dan Pengabdian Masyarakat (DRPM) UI.
Kemudian pada saat penataan keorganisasian di lingkungan UI pada tahun 2009, Puslit Pranata Pembangunan ditetapkan berada dalam koordinasi Program Pasca Sarjana (PPS) UI melalui SK Rektor UI no.1406/SK/R/UI/2009 dengan pertimbangan lingkup kajian yang bersifat multi/interdisiplin. Dalam perjalanannya, nomenklatur Program Pascasarjana Multidisplin Ilmu (PPS) UI secara definitif pada 1 Juli 2016 diubah namanya menjadi Sekolah Kajian Stratejik dan Global (SKSG) UI. Sebagai konsekuensinya, Puslit Pranata Pembangunan saat ini menjadi bagian dari SKSG UI.